《最后的审判》是米开朗基罗以花甲之年以大无畏的精神和顽强的意志，花了6年的心血，创作出了这幅人物众多，构思雄浑的纪念碑式的壁画巨作。它是取材于《圣经》故事描绘的是世界末日来临时基督把万民召集在自己面前，分出善恶，善的灵魂升入天堂，恶的灵魂打入地狱。
整个画面由上往下可以分为有联系的四个部分。第一部分与天顶壁画相连接，有两幅大小相等构图均衡的画面，表两年是基督受刑和被处死时用过的刑具，基督被处死三天以后复活升天，他再次降临人世时，将对为类实行末日审判，扫净人间邪恶。全画的关键部分是第二部分，基督已降临人间，他正在对人类的善恶做最后的审判，画面支端中站立着巨人救世主基督，神态威严无比，他年轻、刚毅、果断，正挥动有力的右手，左手举于胸前，作最后的裁决。基督的右手下是圣母玛利亚，她正全神贯注地听其爱子的审判，基督的后边是他的12个门徒和一些带着殉教时受刑刑具的圣徒，右边那个拿着大钥匙的巨人是门徒彼得，左边和彼得相对的是亚当。在基督的左脚下有一个手拿人皮的巨人，特别引人注意，他是一位被活活剥皮处死的殉教者巴尔托洛梅奥，他右手执刀，左手提着自己的人皮，不过人皮中的人像却是米开朗基罗的自画像，扭曲了的脸上，充满了痛苦，愤怒和抗议的神情。第三部分是一簇天使腾云驾雾吹响号角，唤醒死亡者复活，宣告世界末日的到来。天使两侧两组巨人，表现了善恶两部分人的活动，左边是得救的善的灵魂，他们在天使的支持下，纷纷升天；右边是被判处下地狱的恶的灵魂，他们正在被天使拖曳，推赶下地狱。第四部分，画面是地狱之河和地狱，但丁在《神曲》里称它为“亚开龙河”，渡过这条河就进入地狱，河上有一摆渡人名叫卡龙，站在船上把恶的灵魂渡过河来，把他们赶入地狱之门，被宣判入地狱的人群陷入绝望恐怖和痛苦的境地，他们在拼命地挣扎，在那痛苦的肌肉里发出了无声的狂啸。
画面右边有一个驴耳蟒蛇缠身的巨人，它是地狱判官米诺。这也是这幅画里第二个真实人物。这里有一个趣闻。据说当壁画完成四分之三时，教皇保罗三世在他的司礼官陪同下来观看米开朗基罗已完成的画，米开朗基罗正在作画，教皇就问他的司礼官：你看这幅画如何？司礼官瞪大眼道貌岸然地说：“太无耻了，把这么多赤身露体的人画在这种神圣的地方。”米开朗基罗听后十分生气，他们走了以后，马上就以司礼官的形象画成在蛇缠身的米诺。消息很快传到那个司礼官耳朵里，他来看了画，跳着脚要求米开朗基罗把他弄下来，遭到拒绝，教皇也幸灾乐祸地不同意把这个形象从画面中去掉，这个司礼官的形象就保存了下来。
米开朗基罗从人文主义立场出发，在这幅画中热情歌颂了人的力量和人体的美，这对基督教义禁欲主义是严重挑战，也是对在中世纪基督教会正在提倡“贞洁运动”一个沉重打击。因此遭到教会反动势力疯狂反对和攻击，并被扣上异端的罪名，他们要求立即毁掉这幅壁画，教皇采取了折中的办法，他请米开朗基罗亲自来修改，画家反对对这样做，并不无讥讽地说：“请你管理人们的心灵，让我来管理人们的肉体吧！”拒绝修改，教皇只好让画家伏尔泰拉给这些裸体人物添上遮羞布，从此这位画家就被称为“裤子的人”。
千百年来，这壁画在那里听凭人们评点，人们嘲笑那形象卑劣司礼官和赞叹米开朗基罗不朽艺术水平，也许是机缘，这无意中正映衬了这幅画的名字——《最后的审判》